南苏丹气候分为旱季（11月至次年4月）和雨季（5月至10月）。旱季期间，降水量锐减，蝗灾、火灾多发；雨季期间，降水量较大，尼罗河沿岸地区易发生洪灾，易引发滑坡、泥石流等灾害。

1972年至2011年间，南苏丹共发生过67次里氏4.0级以上地震，包括17次里氏5.0级以上地震。地震发生次数最多的是中赤道州，共42起，占总地震数的63%。1990年中赤道州曾发生里氏7.0级地震。